近日，本实验室陈鲲淇研究员团队与西交利物浦大学孟佳教授、黄戴赟博士团队合作发表RNA修饰位点检测新方法“DirectRM: integrated detection of landscape and crosstalk between multiple RNA modifications using direct RNA sequencing”于《Nature Communications》（IF=15.7）杂志。

分析RNA修饰对于深入理解其功能及相互作用机制至关重要。陈鲲淇等结合纳米孔直接RNA测序的技术优势，提出了DirectRM模型，能够在天然RNA中同时检测六种常见修饰：N4-乙酰胞苷、1-甲基腺苷、5-甲基胞苷、N7-甲基鸟苷、N6-甲基腺苷和假尿苷。该模型采用双层架构：首先利用二元分类器识别候选修饰区域，随后通过基于注意力的神经网络精确定位修饰类型及其具体位置。在人类细胞系和病毒RNA数据上的验证结果表明，DirectRM具有较高的灵敏度、精确度和鲁棒性，性能优于现有工具。尤为重要的是，该研究揭示了RNA修饰在转录水平和分子水平上的分布规律：在转录水平上，修饰倾向于聚集分布；而在分子水平上，某一修饰的存在可能抑制相邻位置发生其他修饰。DirectRM为解析转录组复杂性提供了有力工具，并具备进一步扩展的潜力。

陈鲲淇研究员为本文最后通讯作者、博士研究生吴岳城为本文共同第一作者，博士研究生吴艺语，硕士研究生李丽英参与了部分研究工作。该研究由国家自然科学基金、福建省科技创新联合基金、福建省卫生健康领军人才研修计划、j9九游会高层次人才科研启动经费等资助。

文章链接：https://doi.org/10.1038/s41467-025-64495-8